科隆大学自1388年建校以来就是德国著名的医学研究和教学中心。其附属医院拥有约1400张床位，是科隆地区最大的医院。科隆大学附属医院拥有59个诊所、医疗中心以及研究院，几乎涵盖了所有医学领域。诊所中最著名的包括世界闻名的马克思普朗克神经系统研究所和马克思普朗克老年生物学研究所。科隆大学附属医院提供世界顶尖的检查和治疗方法，每年有约六万住院患者以及近三十万门诊病人在此接受治疗。

科隆大学附属医院著名专科有：

• 肿瘤治疗
• 心血管治疗（心脏科，胸外科，血管外科，儿童心脏病科）
• 眼科（德国最大的青光眼手术中心，每年1500例青光眼患者在这里治疗）
• 前列腺疾病治疗
• 内置假体手术
• 人类遗传学（家族遗传以及先天性疾病咨询：囊肿性纤维化、代谢紊乱、癌症等)